Le système reproducteur d’un organisme, appelé aussi appareil génital ou reproducteur, est le système biologique constitué de l'ensemble des organes anatomiques qui participent à la reproduction. Chez les organismes sexués, on parle des organes sexuels ou des organes génitaux chez les animaux, ou encore des caractères sexuels primaires.

Les organes du système reproducteur remplissent au minimum les fonctions de production des cellules sexuelles nommées gamètes et de fécondation ; chez les hauts vertébrés, on y ajoute la gestation et la parturition (naissance, mise bas ou ponte).

Chez les animaux, le système reproducteur est fondé sur les gonades, les glandes qui produisent les gamètes : ovaire pour la gonade femelle et testicule pour la gonade mâle.

Les fleurs sont les organes reproducteurs des plantes à fleurs.